水利工程系于1959年8月建立，1963年随着学校调整压缩，撤销水利系，恢复学校一级管理。1977年恢复高等学校招生考试制度，1978年12月，建立农田水利工程系，1986年7月撤销农田水利工程系，建立水利工程系，下设水利工程建筑、陆地水文、水利工程管理三个专业，原水利水电工程建筑、农田水利工程专业归入我系。1988年设市政工程专业，1993年设城镇建设专业，1994年设岩土工程专业，1994年至1995年度，经国家教委批准，市政工程专业列为第三批全国高等工程专科试点专业。1995年岩土工程专业更名为城市建设基础工程专业，1998年设工程造价管理专业，1999年设工程施工技术（高职）专业，2000年设工程施工管理专业，2001年设道桥和交通监理专业，2002年设水务管理和城市规划专业，2003年设工程测量专业，2004年设资产评估专业，2006年设水利工程监理专业，2008年设港口航道与治河工程专业。2010年由水利工程系分离出交通工程系，其中基础工程、资产评估、市政工程、公路监理、道路桥梁工程、工程造价等专业归入交通工程系，水利系保留有水利工程、工程测量技术、水利工程施工技术、港口与航道工程技术、水文与水资源、水务管理等专业。其中，水利工程专业是河北省教育厅命名的示范专业；水利工程施工技术、工程测量技术于2012年验收通过中国水利高等教育协会批准建设的水利高等职业教育示范专业。学校于2016年3月升本后，设置了本科专业水利水电工程、测绘工程、农业水利工程、给排水科学与工程、水文水资源工程、遥感科学与技术,分别于2016年9月、2017年9月、2019年9月、2020年9月、2021年9月、2022年9月开始招生。

六十多年来，水利工程系已培养了上万名德、智、体、美、劳全面发展，会设计、精施工、善管理的高级工程技术应用性人才，遍布水利、土木、交通、城建、市政、水文水资源勘测等设计、施工单位和各级行政管理部门。据不完全统计，在历届毕业生中，现有高级职称人员2000多人，市级及以上干部100余人，县处级干部500多人，水利工程系毕业生在市、县水利技术干部中占有很大的比重，为国家尤其京、津、冀地区经济建设做出了突出的贡献。